技術(shù)流程
Stereo-seq 芯片上布滿了數(shù)十億規(guī)則陣列排布的單鏈線球狀 DNA 納米球（DNA NanoBall, DNB）。DNB 是以單鏈環(huán)狀 DNA 為模板、經(jīng)過(guò)滾環(huán)擴(kuò)增（Rolling-Circle Replication, RCR）后得到的產(chǎn)物,每個(gè) DNB 直徑為 220 nm，兩個(gè) DNB 中心點(diǎn)間距范圍為500 nm。通過(guò) DNBSEQ? 技術(shù)對(duì)固定在芯片上的 DNB 進(jìn)行測(cè)序，得到 Coordinate ID (CID）信息，CID 和 DNB 坐標(biāo)位置一一對(duì)應(yīng)，可以通過(guò)建立 CID 與坐標(biāo)位置的映射關(guān)系，還原后續(xù)捕獲到的 mRNA 的空間位置。對(duì)照關(guān)系保存在時(shí)空芯片 CID- 坐標(biāo)位置對(duì)照文件中（Stereo-seq Chip Mask 文件）。DNB 經(jīng) Stereo-seq 生化方法合成攜帶 CID 的 DNB 后鏈接分子編碼（Molecular ID, MID）用于區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本）和 PolyT，從而實(shí)現(xiàn)游離 mRNA 的捕獲。標(biāo)準(zhǔn) Stereo-seq 文庫(kù)的 CID 序列長(zhǎng)度為 25 bp， MID 長(zhǎng)度為 10 bp。
技術(shù)應(yīng)用
時(shí)空組學(xué)技術(shù)可從空間維度解析單個(gè)組織切片中的所有 mRNA，從而能夠在組織原位檢測(cè)細(xì)胞的基因表達(dá)及相互作用，獲取動(dòng)、植物器官/組織的空間基因表達(dá)模式，進(jìn)而揭秘生命奧秘，為臨床病理的精準(zhǔn)診斷鋪平道路。目前，Stereo-seq 已被成功應(yīng)用到動(dòng)物胚胎發(fā)育、植物發(fā)育、腦科學(xué)、腫瘤等多個(gè)不同領(lǐng)域， 并成功發(fā)表包括 CNS 在內(nèi)的60余篇文章。
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