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Q1:MegaBOLT生信分析加速器是怎樣的產品?
MegaBOLT生信分析加速器系列產品(包括MegaBOLT、ZBOLT、ZBOLT Pro),是華大智造自研專注于高通量測序領域的生物信息分析硬件加速系統。
支持胚系突變(Germline)與體細胞突變(Somatic)的全基因組(WGS)、全外顯子組(WES)、Panel靶向測序數據,較經典算法提速百倍。
產品集成ZMART生信應用市場,支持超過百款增值應用,可靈活配置更多拓展功能應用。MegaBOLT快速、集成、易用、經濟,可大幅降低計算費用,省時省心,助力您的業務高效開展。
產品主要有桌面工作站及機架式服務器兩種,適應各種規模場地的多種場景需求:實驗室、醫院、研究院所、公司企業。
機架服務器版適用于擁有計算集群的用戶,通常是有大量計算任務的場景,如測序工廠、科研中心、商業公司;而工作站版則適用于一站式場景,例如醫院或實驗室。
極大縮短分析時間,WGS(30X)分析時間可以縮短到1/38,WES(100X)分析時間可以縮短到1/42,這可以減少計算資源的壓力,安裝更少的服務器。
MegaBOLT支持Reads長度范圍為25bp~1000bp,具體來說MegaBOLT軟件中的BWA支持到250bp,Minimap2支持到1000bp,支持單端測序的Reads,支持不等長Reads。
MegaBOLT支持非人物種,默認支持最大物種8Gbp,再大需要設置其他參數,如“--mm2-param “-I 16G””。
可以,MegaBOLT通過任務調度系統管理多個任務。
采用Minimap2或BWA-MEM算法。
MegaBOLT基于GATK 3.8 / GATK4.1版本的HaplotypeCaller進行優化加速,使用完全相同的算法,支持HaplotypeCaller的全部功能。以及DeepVariant變異檢測算法。
MegaBOLT支持腫瘤/對照模式和單腫瘤模式,變異檢測使用Mutect算法。
在室內25℃條件下,MegaBOLT機器工作站版滿載時,機箱表面噪音約為65db,適合存放于實驗室,辦公室等場景。
MegaBOLT升級V3.0前使用CentOS系統;MegaBOLT升級V3.0后從CentOS操作系統切換為Ubuntu操作系統,只支持使用Ubuntu系統。
MegaBOLT生信分析加速器默認包含大容量存儲設備,其中新版本(V3.0及以后)默認配備40TB的數據存儲設備,而舊款(V3.0以前的版本)則默認配備30TB。
可以根據公式“SSD大小/7”來計算能高效分析的最大數據量。超過該最大值時,本設備也可以進行分析,只是速度變慢。例如:3.2TB SSD可分析450GB以內的數據。
不建議,除非您充分知悉這么做帶來的風險。運行MegaBOLT程序時會占用大部分硬件資源,若同時運行其他程序,可能會導致MegaBOLT程序分析任務失敗,甚至導致本設備宕機。
不建議這樣做。如果需要在不影響MegaBOLT程序運行的情況下運行其他應用程序,應該先經過MGI工程師的確認,確保這些應用程序是被支持的。
不建議,本設備運行時會產生大量中間文件,需要有充足的緩存硬盤空間。
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